Ο ναός του Αρχιμανδρείου είναι ο μοναδικός στην πόλη των Ιωαννίνων για τον οποίο διαθέτουμε σαφείς μαρτυρίες και τεκμήρια ότι υπήρχε τουλάχιστον από τον 12ο-13ο αιώνα. Αρχικά αποτελούσε το καθολικό μονής, ενώ με την επέκταση της πόλης κατέστη ενοριακός. Ο αρχικός ναός υπέστη μάλλον δραστική ανακαίνιση το 1627 και την πρώτη δεκαετία του 19ου αιώνα, οπότε χρονολογούνται ο ξυλόγλυπτος άμβωνας και το προσκυνητάρι. Είναι ο μοναδικός ναός των Ιωαννίνων που δεν καταστράφηκε κατά την πολιορκία του Αλή Πασά των Ιωαννίνων το 1820-1822, ενώ αποτέλεσε και τον μητροπολιτικό ναό της πόλης στο διάστημα 1822-1832. Παρ’ όλα αυτά, ο ναός κατεδαφίστηκε περί το 1852 και ανηγέρθη ο σημερινός, με τις εργασίες να κρατούν μέχρι το 1864. Πρόκειται για μεγάλη τρίκλιτη θολοσκεπή βασιλική, με διώροφο γυναικωνίτη στα δυτικά και τα βόρεια. Το μαρμάρινο τέμπλο είναι μεταγενέστερο έργο του 1906, όπως και οι εικόνες του.
